Управление МБОУ "ЦО "ППК" осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

Разграничение полномочий между Учредителем, Ведомством, Директором и органами Учреждения определяются Уставом.

Единоличным исполнительным органом МБОУ "ЦО "ППК" является директор , который осуществляет текущее руководство деятельностью учреждения. Коллегиальными органами управления МБОУ "ЦО "ППК" являются общее собрание работников учреждения, педагогический совет, управляющий совет.

МБОУ "ЦО "ППК" имеет в своём составе следующие структурные подразделения (отделения): индивидуального развития для детей с задержкой психического развития; «гимназии»; «лицей искусств»; общеобразовательное, которые входят в структуру учреждения и не являются юридическими лицами.